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据报道，经历了第5波的最大后，日本每日新增病例数断崖式下跌，从9月份日增近2.8万人，到10月31日仅232人，德尔塔病毒突然“神秘消退”。对此，日本国立遗传学研究所文章称，影响德尔塔病毒修复的变异酶发生了变化，病毒或趋于自然死亡。但从目前研究以及生物学的基本原理来看，事实并非如此，变异酶nsp14的突变不是日本消退的主要原因。
据称，日本消退并不神秘，主要还是因为其大规模接种疫苗时间比其他发达国家更晚，因此目前疫苗对日本人群保护力仍然处于巅峰状态。对于防控来说，疫苗和非药物干预措施（NPI）都很重要。日本专家也把下降归功于导致感染扩大的因素消失、医疗危机改变人们的防疫对策、夜间出行人数减少、疫苗接种效果、天气影响这5大因素。但目前无法确定这些因素在下降过程中的具体作用。
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